1993 年经铁道部批准、国家物价局同意,中国铁路对外服务总公司(铁道部直属企业)成立快运部,在北京、上海等 7 个城市开办中国铁路小件货物特快专递运输业务。
1997 年 4 月,在国家工商局注册设立中铁快运有限公司,开展 中国铁路小件货物特快专递运输 ,注册商标CRE 中铁快运 。
2003 年 6 月 18 日 ,铁道部成立中铁行邮运输中心筹备组,任命徐海锋为筹备组组长,正式启动行包专业运输企业筹备工作。
2003 年 9 月 26 日 ,铁道部与国家邮政局在钓鱼台国宾馆签署《战略合作框架协议》,拉开铁路与邮政战略合作的序幕。
2004 年 10 月 10 日 中铁行包快递有限责任公司注册成立中铁纪念票证有限公司,经营铁路纪念票证。
2004 年 10 月 28 日 ,中铁快运有限公司经股份制改造后,名称变更为 中铁快运股份有限公司 ,并进入上市辅导期。同日,中国铁路对外服务总公司的资产、人员划拨中铁行包快递有限责任公司,名称变更为中国铁路建设投资公司。
2005年9月,为整合内部资源,优化资产结构,理顺业务关系,强化经营管理,避免同业竞争,形成优势互补,铁道部决定将中铁行包快递有限责任公司与中铁快运股份有限公司(1997年4月在国家工商局注册设立)的资产、业务、机构、人员实施合并重组。新公司使用中铁快运股份有限公司名称,注销中铁行包快递有限责任公司。
2006年1月6日,在国家工商行政管理总局办理变更注册手续后,新的中铁快运股份有限公司正式成立,注册资本19.46亿元,共有股东21家,中国铁路建设投资公司代表铁道部占总股份的52.6%。
2006年4月,铁道部将18个铁路车站行包房和14对行包专列的资产划拨给中铁快运股份有限公司。