1.一旦扫描仪通电后，千万不要热插拔SCSI、EPP接口的电缆，这样会损坏扫描仪或计算机，当然USB接口除外，因为它本身就支持热插拔。
2.扫描仪在工作时请不要中途切断电源，一般要等到扫描仪的镜组完全归位后，再切断电源，这对扫描仪电路芯片的正常工作是非常有意义的。
3.由于一些CCD的扫描仪可以扫小型立体物品，所仪在扫描时应当注意：放置锋利物品时不要随便移动以免划伤玻璃，包括反射稿上的钉书针；放下上盖时不要用力过猛，以免打碎玻璃。
4.一些扫描仪在设计上并没有完全切断电源的开关，当用户不用时，扫描仪的灯管依然是亮着的，由于扫描仪灯管也是消耗品（可以类比于日光灯，但是持续使用时间要长很多），所以建议用户在不用时切断电源。
5.扫描仪应该摆放在远离窗户的地方，应为窗户附近的灰尘比较多，而且会受到阳光的直射，会减少塑料部件的使用寿命。
6.由于扫描仪在工作中会产生静电，从而吸附大量灰尘进入机体影响镜组的工作。因此，不要用容易掉渣儿的织物来覆盖（绒制品，棉织品等），可以用丝绸或蜡染布等进行覆盖，房间适当的湿度可以避免灰尘对扫描仪的影响。