无菌室应定期用适宜的液清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。
需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法。
工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或液洗手，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。
在获得了无菌环境和无菌材料后，还要保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究或利用它们的功能，否则外界的各种微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的现象，在微生物学中叫做污染杂菌。
无菌室前，应将所有物品置于操作之部位（待检物例外），然后打开紫外灯30分钟，时间一到，关闭紫外灯待用
进入无菌室前，必须于缓冲间更换过的工作服、工作帽及工作鞋。
操作应严格按照无菌操作规定进行，操作中少说话，不喧哗，以保持环境的无菌状态。
吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管，如吸管碰到手及其它未的物体，必须重 新 更 换 ，以 防污染 。
操作过程注意事项
1． 动作要轻，不能太快，以免搅动空气增加污染；玻璃器皿也应轻取轻放，以免破损污染环境
2． 操作应在近火焰区进行。
3． 接种环、接种针等金属器材使用前后均需灼烧，灼烧时先通过内焰，使残物烘干后再灼烧
4． 使用吸管时，切勿用嘴直接吸、吹吸管，而必须用洗耳球操作。
5． 观察平板时不好 开盖，如欲沾取菌落检查时，必需靠近火焰区操作，平皿盖也不能 大开，而是上下盖适当开缝。
6． 进行可疑致病菌涂片染色时，应使用夹子夹持玻片，切勿用手 直接拿玻片，以免造成污染，用过的玻片也应置于液中浸泡，然后再洗涤。
7． 工作结束，收拾好工作台上的样品及器材，后用液擦拭工作台。