结构设计
为了保证气流几乎不受干扰，就必须进行结构设计，必要的谨慎可以防止房间里任何地方的灰尘积累。
设计方案
要确定设计方案，必须先对房间的工作性质以及其中的气流条件进行认真的考虑。发尘量大的车间不宜采用地面送风形式，洁净度要求高的车间应尽可能远离其它车间。
材料选择
作为洁净室顶棚，墙面和地板的材料必须是不宜破裂、不易沾颗粒，以及几乎不起尘的材料，另外根据房间不同的工作条件，还必须考虑材料的化学性能是否稳定。
压力和气流
为了保证房间的洁净度，必须防止外面污染气流进入室内，要达到这个目的，房间里必须保持正压。为了获得所要求的房间压力，必须补充适当的新鲜空气。
工程设计不合理
这种现象比较少见，主要是在一些小型的净化级别要求不太高的洁净室建造上。现在净化的竞争比较激烈，一些施工单位为了获得工程，在投标中给出了较低的报价。在后期施工中，利用一些单位不太懂行的情况，偷工减料，使用功率较低的空调通风压缩机组，使送风功率与净化面积不匹配，导致洁净度不合格。
净化空调系统没有清扫干净
在施工过程中，整个净化空调系统，尤其是送、回风管道都不是一次完成，施工人员和工环境都会造成通风管道和过滤器的污染。如不清洁干净，将直接影响检测结果。改进措施是，边施工边清洁，面前一段管道安装完成清洁后，可用塑料薄膜密封，避免环境等造成的污染。
过滤装置性能
室内空气净化主要靠过滤装置，经过优良的过滤器可以保证向室内输送洁净空气。对5μm以上颗粒滤除效果达到99、99%以上，可有效去除空气中的各种颗粒，否则不能保证对微生物的洁净效果。
足够的换气次数
由于洁净实验室内人员及操作活动，可以不断产生尘埃和颗粒，这些颗粒需要不断的换气将其带走，如果没有足够的换气量，将会使室内颗粒浓度越来越高。