无菌洁净车间的内部装修要求房间围护结构的空气密封性好，房内无卫生死角，装修材料表面光洁但不反光、耐压力而不起尘、易于清洁、不易发生霉变和长菌、能够适应各种剂和气体熏蒸的腐蚀和紫外线照射。
无尘无菌车间内空气的流动有两种情况：一种是层流的(即室内一切悬浮粒子都保持在层流层中运动);另一种是非层流的(即室内空气的流动是紊流的)。装有一般空调系统的洁净室，室内空气的流动属于非层流(紊流)，既可使空气中夹带的混悬粒子迅速混合，也可使室内静止的微粒重新飞扬，部分空气还可出现停滞状态。
食品物料的分为热力和冷菌。食品无尘无尘无菌包装的物料到目前为止主要是热力，其又分超高温和高温短时两种，物料的冷方法 主要指紫外线和微波。超高温是指在温度和时间分别为135-150℃和2-8秒的条件下，对乳品或其他食品进行处理的一种工艺。由于它具有许多优 点，特别是可以解决既能杀死产品中的微生物，又可较好的保持食品品质与营养价值这对矛盾，现已广泛应用于牛乳、果汁及果汁饮料、豆乳、茶、酒、矿泉水及其 它产品的生产。
一方面是彻底，另一方面防止污染，是无菌技术的两个方面。另外，还要防止所研究的微生物，特别是致病微生物或经过基因工程改造了的本来自然界不存在的微生物从实验容器中逃逸到外界环境中去。为了这些目的，在微生物学中，有许多措施。