个别 “代理记账公司”没有代理记账资质（市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等），发生问题可以回避责任，损害委托单位的利益。这也是小企业在选择代账服务公司时必须要注意的事项。
财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务。
代理记账机构必须有3名以上持有会计从业资格证书的专职从业人员，且主管代理记账业务的负责人必须具有会计师以上专业技术职称资格。但实际执行中，相当部分的代理记账机构不符合此规定。
实际执行中很多代理记账业务操作不规范、内部管理制度不健全现象十分普遍，部分代理记账机构的内部管理制度即使制定也是形同虚设。
