档案整理工作必须有一定的标准和依据，按照一定的原则和要求进行。档案整理工作的原则是：遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系，充分利用原有基础，区分不同价值，便于保管和利用。
1、遵循档案文件之间形成的有机规律
文件之间的有机联系，是指文件在产生和处理过程中所形成的内部相互关系，也称文件的“内在联系”。保持文件之间的有机联系是档案整理工作的根本性原则。
（1）时间联系：档案在各部门形成时，是有一定过程和阶段性的，在这段时间内形成的各类档案总和。
（2）内容联系：涉及到具体的某件事务而形成的档案文件总和。
（3）来源联系：同属于一个形成者或同类型的形成者的档案文件总和。
（4）形式联系：指的是档案文件在载体、文种、表达方式以及特定的标记等因素上保持相同，从而形成的档案文件总和。
2、区分档案文件的不同价值
档案整理过程中，区分档案的不同价值、划分保管期限是一个关键的环节。《归档文件整理规则)（DA/T 22一2015）对分类的要求有，将不同年度、不同机构、不同保管期限的文件区分开来，为开展后续工作打下基础。它有利于减轻日益增多的档案给保管场所和设备带来的压力，集中人力、物力妥善保管价值较大的档案。通过判定档案的价值，档案人员能够进一步掌握档案的内容和效用，针对实际情况提出开发利用的具体建议，指导档案的利用工作，充分发挥档案的作用。
3、保证纸质文件材料和电子文件整理协调统一
目前纸质文件材料与电子文件在较长的时间内会并行存在，因此保证二者的协调统一是进行归档文件整理的要求。归档文件整理时一般应将归档电子文件作为整理对象。先在归档系统上完成电子文件的整理，再据此整理纸质归档文件，以便保持整理工作的一致性和稳定性。
4、符合档案文档一体化管理要求
根据《归档文件整理规则》（DA/T2-2015），在信息化条件下,归档文件整理必须考虑纸质文件和电子文件的整理要求，将纸质文件材料整理与电子文件整理统一起来，尽量用电子文件管理的思路和方法去引领归档文件整理，进而实现纸质文件材料和电子文件统一标准、统一整理、统一管理的要求。
