再好的无酸档案盒，如果文件前期处理不到位，依然会出现档案损坏。文件入盒前，首先清理附着物，拆除订书钉、大头针、回形针等金属件，金属受潮生锈，会在纸张上留下锈斑，很难清除。覆膜文件要检查覆膜是否起泡、脱胶，老化覆膜会粘连纸张，优先单独存放。
纸张上的胶水、胶带、不干胶标签属于隐患，胶带胶层老化后会渗透纸面，造成纸张粘连、变色，尽量去除。潮湿文件必须先晾干，不能带着潮气直接装入盒内，密闭盒内湿度偏高，极易滋生霉菌，无酸纸也无法抵御霉变。
大幅图纸、大图按照规范折叠，折叠处可以垫无酸隔条，减少折痕断裂。有照片、底片的档案，不能直接和普通文稿紧贴放置，需要搭配无酸照片袋隔离。文件整理完成后，按顺序排好，控制一盒容量，不要塞得过满，盒内留有少量空隙，避免纸张受压变形。
